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2026년 형사사법체계 개편과 특별사법경찰 단속: 기업의 수사 초기 대응 전략

2026년 검찰청 폐지와 특사경 수사권 확대에 대비하여, 기업과 의료기관이 반드시 알아야 할 수사 초기 대응 전략과 사전 컴플라이언스 점검의 중요성을 안내합니다.

김용범 변호사
김용범 변호사법무법인 오킴스의 대표변호사로 기업법무 및 기업금융, 기업지배구조, 기업인수합병(M&A), 스타트업, 제약∙바이오 기술 라이센싱 계약, 의료분쟁, 의약품 및 의료기기 제조물책임 소송, 국민건강보험법 전문가입니다.2026년 9월 17일 · 조회수 49

법률 검수 변호사: 이상엽 변호사 · 2026년 9월 17일


LawKit 블로그 썸네일: 2026년 형사사법체계 개편과 특별사법경찰 단속: 기업의 수사 초기 대응 전략 - 특사경 수사권한 확대...

2026년 10월 2일, 기존 검찰청이 폐지되고 공소청과 중대범죄수사청(중수청) 체제로 전환될 예정입니다. 이에 따라 기업과 의료기관이 직면하는 규제 환경에도 큰 변화가 예상됩니다. 가장 주목해야 할 부분은 특별사법경찰(이하 특사경)의 역할 확대입니다. 특사경이란 환경, 보건, 조세 등 전문 분야의 행정공무원에게 예외적으로 수사권을 부여한 제도를 말합니다. 앞으로는 단순한 행정조사가 곧바로 강도 높은 형사수사로 이어질 가능성이 커졌으므로, 기업은 단속 이전 단계부터 컴플라이언스 점검과 수사 초기 대응 체계를 갖추어야 합니다.

검사의 직접수사권 폐지와 수사 구조의 재편

언론 보도 등에 따르면, 2026년 10월 2일을 기점으로 검사의 직접수사권이 폐지되고 특사경과의 관계가 상호 협력 관계로 전환됩니다.

과거에는 경찰이나 특사경의 단속 이후 검찰 단계에서 본격적인 법리적 다툼을 벌이는 것이 기업의 일반적인 대응 공식이었습니다. 그러나 사법체계가 개편되면 해당 산업의 실무를 가장 잘 아는 특사경이 수사의 주도권을 쥐게 됩니다. 이들이 현장에서 확보한 초기 증거와 진술이 향후 재판까지 결정적인 영향을 미치게 되므로, 사후 대처에 의존하던 기존의 위기관리 방식은 더 이상 유효하지 않습니다.

행정조사와 형사수사의 경계가 무너지다

특사경 단속의 가장 큰 특징은 '행정조사'의 외관을 띠고 시작된다는 점입니다. 최근 경기도 특사경이 도내 병·의원을 대상으로 의료폐기물 불법행위를 집중 단속한 사례가 대표적입니다.

현장 점검을 나온 공무원(특사경)에게 무심코 건넨 자료나 실무 담당자의 초기 진술은 단순한 행정처분(과태료, 영업정지 등)을 넘어 형사처벌을 향한 핵심 증거로 탈바꿈할 수 있습니다. 행정조사 과정에서 위법 정황이 포착되는 순간, 그 자리가 곧바로 형사수사의 현장으로 전환되기 때문입니다.

흔한 오해와 실제 판단 기준

  • 흔한 오해: "일단 현장 단속에 최대한 협조하고, 나중에 검찰에 사건이 송치되면 그때 변호사를 선임해 방어하면 된다."

  • 실제 판단 기준: 검사의 직접수사권이 폐지되는 구조에서는 특사경 단계에서 작성된 조서와 수집된 자료가 사실관계를 확정 짓는 절대적인 기준이 됩니다. 행정조사 단계에서 이미 형사수사가 시작된 것으로 간주하고, 첫 자료 제출부터 법률적 검토를 거쳐야 방어권을 보장받을 수 있습니다.

초기 진술과 자료 제출, 골든타임을 사수하라

특사경의 기습적인 현장 단속 시 기업이나 의료기관의 실무자는 당황하여 불필요한 진술을 하거나, 요구 범위를 벗어난 자료까지 임의로 제출하는 경우가 많습니다. 수사권한이 확대된 특사경 앞에서는 이 초기 대응이 곧 기업의 생존과 직결됩니다.

단속 현장에서는 제출할 자료의 범위를 명확히 획정하고, 진술의 일관성을 유지하며, 불리하게 해석될 수 있는 정황을 사전에 차단하는 것이 중요합니다. 이를 위해서는 단속이 발생하기 전 평상시에 내부 규정을 점검하고, 현장 조사 시 임직원들이 어떻게 대응해야 하는지 명확한 가이드라인을 마련해 두어야 합니다.

전문가의 사전 진단으로 규제 리스크를 통제하십시오

2026년 사법체계 개편은 기업과 의료기관에 '사후 대응'이 아닌 '사전 예방'을 강하게 요구하고 있습니다. 수사권이 확대된 특사경의 단속은 일단 시작되면 되돌리기 어렵습니다.

LawKit|법무법인 오킴스는 특사경 단속 리스크를 사전에 식별하는 컴플라이언스 진단부터, 실제 행정조사 발생 시 형사수사 전환을 방어하는 연속적인 법률 지원 서비스를 제공합니다. 규제 리스크가 현실화하여 돌이킬 수 없는 피해가 발생하기 전에, 전문가의 객관적인 점검을 통해 기업의 안전망을 구축하시기 바랍니다.

참조: 데일리굿뉴스 - 검찰청 78년 만에 폐지…10월부터 공소청·중수청

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