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입법 공백 속 해외 유전체 기업 협업, 데이터 국외 이전과 계약 실무 쟁점

입법 공백 상태에서 한국 유전체 기업이 해외 기업과 협업할 때 유의해야 할 데이터 국외 이전 리스크와 방어적 계약 설계 방안을 안내합니다.

이상엽 변호사
이상엽 변호사미국변호사 · 법무법인 오킴스 국제분쟁 전문가의 생생한 계약 실무강의! KCAB 국제중재센터 사건관리자 출신 (+200건 수행) 英 Lexology Index 선정 국제중재 전문가 (3년 연속) 연세대학교 국제통상학과 겸임교수2026년 9월 21일 · 조회수 45

법률 검수 변호사: 김용범 변호사 · 2026년 9월 21일


LawKit 블로그 썸네일: 입법 공백 속 해외 유전체 기업 협업, 데이터 국외 이전과 계약 실무 쟁점 - 관련 법안이 마련되지 않...

해외 유전체 분석 기업의 국내 진출과 협업 사례가 빠르게 증가하고 있으나, 이를 규율하고 통제할 관련 법안은 국회에 발의된 채 본격적인 논의가 지연되며 입법 공백이 발생하고 있습니다. 관련 법이 명확하지 않은 불확실성 속에서 해외 기업과 유전체 데이터를 주고받거나 분석을 위탁할 때는 사전 동의 범위의 엄격한 확인, 적법한 국외 이전 고지, 그리고 계약서상 데이터 반환 및 파기와 재위탁 금지 조항의 반영이 필수적입니다. 기업은 법적 기준이 완비되기를 기다리기보다, 선제적으로 방어적인 계약 구조를 설계하여 컴플라이언스 리스크를 통제해야 합니다.

글로벌 유전체 데이터 안보화 흐름과 국내 입법 지연의 시사점

최근 미국과 중국을 비롯한 주요국은 자국민의 유전체 데이터를 단순한 의료 정보가 아닌 핵심적인 국가 안보 자원으로 간주하고 있습니다. 자국 데이터의 해외 유출을 엄격히 통제하는 한편, 외국 기업의 자국 내 바이오 데이터 접근을 제한하는 규제를 강화하는 추세입니다. 이러한 글로벌 흐름은 유전체 데이터 주권이 기업의 비즈니스를 넘어 국가적 차원의 규제 리스크로 작용할 수 있음을 보여줍니다.

반면 국내에서는 한국인 유전체 정보의 해외 유출을 방지하고 외국계 기업의 데이터 취급을 규율하기 위한 법안이 발의되었으나, 아직 구체적인 입법으로 이어지지 못하고 있습니다. 이러한 입법 공백 상태는 국내 유전체 및 바이오 기업에 상당한 실무적 부담을 안겨줍니다. 명시적인 금지 규정이 없다고 해서 리스크가 없는 것이 아니며, 향후 규제가 신설되거나 강화될 경우 기존에 체결한 협업 계약이나 데이터 이전 방식이 소급하여 문제가 될 소지가 있기 때문입니다. 따라서 해외 진출이나 해외 기업과의 협업을 준비하는 기업은 글로벌 규제 동향을 예의주시하며 보수적인 기준을 적용해야 합니다.

민감정보 취급과 사전 동의 범위의 엄격한 점검

유전체 정보는 개인의 고유한 유전적 특징을 담고 있어 개인정보 보호법상 엄격한 보호를 받는 민감정보에 해당합니다. 해외 기업과 공동연구를 진행하거나 분석을 위탁하기 위해 연구용 인체유래물 및 유전정보를 주고받을 때는 최초 수집 단계에서의 동의 범위가 가장 중요한 판단 기준이 됩니다.

실무적으로는 정보주체(환자 또는 연구 참여자)로부터 받은 동의서에 유전체 데이터의 제3자 제공이나 국외 이전, 혹은 처리 위탁에 대한 명시적인 동의가 포함되어 있는지 확인해야 합니다. 특히 연구 목적으로 수집된 데이터라 하더라도, 당초 고지한 연구의 범위를 벗어나 해외 기업의 자체적인 상업적 목적이나 파생 데이터 생성에 활용되는 것은 엄격히 금지됩니다. 동의서의 목적과 실제 데이터 활용 범위가 불일치할 경우 심각한 법적 제재를 받을 수 있으므로, 협업 전 내부 법무 및 컴플라이언스 부서를 통해 동의서 양식과 고지 내역을 전면적으로 재검토하는 과정이 필요합니다.

협업 구조에 따른 데이터 이전 및 위탁 관리

해외 유전체 기업과의 협업은 크게 국내 데이터를 해외로 전송하는 방식과 해외 기업이 국내에 시설을 두고 분석을 대행하는 방식으로 나뉩니다. 각 구조에 따라 적용되는 법적 의무와 실무 검토 포인트가 달라집니다.

협업 구조

주요 특징

실무 검토 포인트

데이터 국외 이전

국내 검체나 추출된 유전체 데이터를 해외 서버나 연구소로 전송하여 분석

정보주체의 명시적인 국외 이전 사전 동의 및 고지 의무 이행 · 이전 대상 국가의 개인정보 보호 수준 및 법제도 평가 · 데이터 국외 이전 표준 계약 체결 및 안전조치 확보

국내 분석 대행

해외 기업이 국내에 서버나 분석 시설을 두고 위탁받아 처리

민감정보 처리 위탁 계약 체결 및 목적 외 사용 통제 · 수탁자에 대한 정기적인 관리 및 감독 의무 이행 · 국내 서버 저장 원칙 준수 및 무단 외부 반출 차단

국외 이전의 경우, 데이터가 물리적으로 국경을 넘어가므로 이전받는 국가의 법률이 국내 개인정보 보호법에 상응하는 보호 수준을 갖추고 있는지 확인하는 것이 중요합니다. 반면 국내 분석 대행 구조에서는 데이터가 국내에 머물더라도, 해외 본사로의 원격 접속이나 우회적인 데이터 열람이 발생하지 않도록 기술적·관리적 통제 장치를 마련해야 합니다.

방어적 계약 설계와 내부 거버넌스 구축 전략

입법 공백 상태에서는 법령이 규정하지 못하는 세부적인 통제 장치를 당사자 간의 계약서에 촘촘하게 반영하는 것이 유일한 방어 수단입니다. 해외 기업과의 공동연구 및 분석 대행 계약을 체결할 때 실무진이 반드시 확보해야 할 협상 전략은 다음과 같습니다.

첫째, 데이터 소유권과 2차 이용 금지를 명확히 해야 합니다. 제공된 원본 유전체 데이터는 물론, 분석 과정에서 파생된 2차 데이터와 알고리즘 학습 결과물에 대한 권리가 국내 기업에 있음을 명시해야 합니다. 해외 기업이 해당 데이터를 익명화 또는 가명화하여 자사의 데이터베이스에 축적하거나 다른 상업적 목적으로 재사용(재식별 포함)하는 것을 원천적으로 차단하는 조항이 필수적입니다.

둘째, 데이터의 저장 위치와 프로젝트 종료 후의 반환 및 파기 절차를 구체화해야 합니다. 데이터가 저장되는 물리적 서버의 위치를 특정하고, 계약이 종료되거나 목적이 달성된 즉시 데이터를 복구 불가능한 방법으로 파기한 후 이를 증명하는 공식 확인서를 제출하도록 요구해야 합니다.

셋째, 무단 재위탁을 통제하고 실사 권한을 확보해야 합니다. 해외 기업이 비용 절감 등을 이유로 제3국의 다른 기업(예: 중국계 하청 분석업체 등)에 데이터를 재위탁하는 상황을 방지하기 위해, 사전 서면 동의 없는 하도급을 엄격히 금지해야 합니다. 아울러 국내 기업이 필요시 해외 기업의 데이터 처리 시설이나 보안 시스템을 직접 또는 제3의 기관을 통해 실사할 수 있는 권한(Audit Right)을 계약서에 명시해야 합니다.

협상 과정에서 해외 기업이 자사의 글로벌 표준 계약서를 고집하며 데이터의 포괄적 사용 권한을 요구하거나 책임 제한 조항을 과도하게 설정하려 한다면, 이는 받아들여서는 안 되는 독소 조항으로 간주하고 단호하게 수정 또는 삭제를 요구해야 합니다.

유전체 데이터 국외 이전과 민감정보 처리 위탁은 현재의 입법 공백 상태에서 기업에 예상치 못한 법적 리스크를 안겨줄 수 있는 중대한 사안입니다. 단순한 비즈니스 협력을 넘어 데이터 주권 확보와 컴플라이언스 방어를 위한 정교한 계약 실무가 요구됩니다. 해외 기업과의 공동연구 계약이나 데이터 이전 구조 설계에 있어 법률적 타당성 검토가 필요하다면, LawKit|법무법인 오킴스의 전문적인 자문을 통해 안전하고 지속 가능한 협업 기반을 마련하시기 바랍니다.

참조: 한국경제 - [취재수첩] '유전체 안보 구멍' 우려에도 대책없는 복지부

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